無料で配布する際、カバーアルバムやカバーCDに関して著作権の問題を考慮しJASRAC等の所定の場所で料金の支払いや販売条件を満たす必要はありますか？

はい、JASRACなどの著作権管理団体での手続きを行う必要があります。具体的な手続き内容は、著作権侵害を防止するために定められた権利取得申請方法を行う必要があります。