痒みや痛みがあり、全身にあることから、医師がアトピーだと言われたのですが、本当にそうですか？

おそらくは、正確な診断をするために、医師からさらなる検査を受けなければなりません。具体的な診断として、皮膚病理学検査や血液検査などを受けられることをお勧めします。