BlenderとUnityは、異なるソフトウェアです。Blenderは3Dモデリング、アニメーション、レンダリングを行うツールです。一方、Unityはゲーム開発用のツールキットで、3Dオブジェクトの操作、物理シミュレーション、AIなどを活用したプログラミングが可能です。
武器アニメーションを作成する場合、両者の違いとしては、Blenderを使うと3Dモデリング、アニメーション、レンダリングを行うことが可能ですが、Unityを使用すると、3Dオブジェクトを操作するプログラミングを行うことも可能です。また、3Dオブジェクトの動きをより柔軟に変化させるために物理シミュレーションを用いることができます。