富山鉄道の４１３系１編成が屋代駅まで甲種輸送された理由については、具体的な情報が提供されていないため、正確な回答をすることはできません。ただし、一般的な理由として、以下の可能性が考えられます。
1. 保守点検・修繕：列車は定期的な点検と修繕を受ける必要があります。車両の状態や設備の確認、修理作業のために、他の施設や工場まで輸送されることがあります。
2. 車両の入れ替え：鉄道会社では、車両の入れ替えを行うことがあります。古い車両を廃車し、代わりに新しい車両を配置するために、別の地域から車両が輸送されることがあります。
3. 水害や災害：自然災害などの緊急事態では、車両の運搬が必要になることがあります。被災地の鉄道網が復旧するまで、他の鉄道会社から輸送された車両が代行運転を行うことがあります。
以上は一般的な理由ですが、具体的な状況によって異なる可能性もあります。詳しい情報があれば、特定の理由を特定することができます。