憲法上で問題となるのは、Aがどのような行為をしているかと、それがどの条文に抵触しているかですか？ 憲法により、問題となる自由（権利）は、Aがどのような自由（権利）を行使した場合、日本国憲法の何条何項に抵触しているかですか？

はい。日本国憲法では、自由（及び権利）を行使した場合、その行為がどの条文に抵触しているかを明確に規定しています。例えば、日本国憲法第25条2項では「一人の人間（死刑及び拷問を含む）を処分すること及び恣意的な拘束をすることはできない。」と述べています。