私は大家を無視したアパート水浸し件について、借家法違反として今までの払った家賃を返金させる目的のため、調停または少額訴訟をするべきか悩んでいます。

少額訴訟をすることをお勧めします。まず、借家法違反を訴え、今までの払った家賃を返金させるような立証材料を準備してください。裁判所で当該事件が認められれば、保証者として家賃を返還してもらうことができる可能性があります。