病院に行って薬を飲んだ後、３週間経っても扁桃腺の腫れが引かない場合は、もう一度病院へ行くべきでしょうか？

はい、もう一度病院へ行くことをお勧めします。医師の意見を参考に、さらなる検査を行ったり、適切な治療方法を確認したりしてください。場合によっては、異なる薬剤や手術などを検討する必要があります。