会社からコロナの濃厚接触者となった場合、3日間自宅待機する指示を受けた場合、待機期間中毎日体調の連絡をすべきでしょうか？

はい、毎日体調を確認することを強くお勧めします。3日間自宅待機する期間中は、早期に重症化を防止するため、毎日体調をチェックし、不快感などが発症している場合、すぐに医師に相談するようにしてください。