内視鏡検査の明細書・領収書で大学の定期試験の公欠を申請した場合、それが証明書として認定されますか？

いいえ、このような証明書として認定されることはありません。大学の定期試験の公欠を申請する場合は、正式な証明書（例えば診療録や病歴）を提出する必要があります。