18日の日曜日にフェラをして2日後の火曜日に舌が痛いと言っている口内炎ができた場合、咽頭淋病が潜伏期間内にあると考えられますか？

はい、ある可能性があります。口内炎が2日後に発症し、潜伏期間を考慮すると、18日の日曜日のフェラから4～5日の範囲で咽頭淋病の潜伏期間を考えられます。