高校1年生ですが、朝のHRに寝坊してリモート授業に参加できなかった場合、コロナの濃厚接触者と判断され休んでいる場合、それをズル休みとして学校に反映されるのでしょうか？

いいえ、学校がルールを尊重してる限り、コロナの濃厚接触者と判断されたことはズル休みではありません。可能な範囲でリモート授業に参加しようとするチェックを受けて、次回からは気をつけましょう。