土曜に熱と喉の痛みがあったので、日曜に抗原検査をしたところ、陽性だったのですが、6日後の金曜に検査をして陰性なら会社へ出勤できると言われましたか？

おそらくはできないと思います。陽性から陰性になるまで、特定の期間を経ている必要があるため、出勤する前に専門医の判断を受ける必要があります。抗原検査の結果だけで原因を特定し、安全に会社へ出勤してもらうためには、必ず専門の医師に相談し、その後の処方を受けてもらう必要があります。