同棲している彼氏が、2日前から体調不良（咳）などがあり、昨日の朝が最後に会ったのにも関わらず今日熱が出ているということですか？

はい。体調不良の程度がどのようなものであるか、また症状が進行しているかなどを特定するために、病院への就診を勧めます。また、担当医と協議しながら今後の対応方針を決めることをお勧めします。