PS4のマインクラフトでMicrosoftアカウントをログインしようとすると、PlayStation Networkに紐づけられていると表示されるのか。

いいえ、PlayStation Networkに紐づけられていると表示されません。Microsoftアカウントをログインするためには、「モダンコンソール」を使用する必要があります。