iPad Airで原神をプレイする際、FPSと画質のどちらかを下げる場合は、FPSを下げるべきです。

はい、FPSを下げるべきです。原神は高スペックのPCで実行されますので、FPSが低いと遊びにくいでしょう。画質の設定を変更しても、ゲームの遊び心を実感することができない可能性があります。