FC版ドラクエ4の第5章以降で戦闘中の仲間を手動で動かせないのは黒歴史か？

黒歴史ではないと思われます。FC版ドラクエ4では、戦闘中の仲間を手動で指示して行動させることが可能です。プレイヤーが行動を決定した後、仲間たちはそれに従うようになっています。また、仲間の攻撃パターンも設定したほうが良いかもしれません。