Switch内のフォートナイトで登録したPIN番号と入力したピン番号が一致しないと、設定を変更することができないようです。

その通りです。Switchのフォートナイトアカウントをお使いになる際は、PIN番号を正しく入力してください。PIN番号が間違っている可能性がある場合は、Switchの設定画面から新しいPINを登録し直してください。