イッシュの難関でトレーナーカードに書かれたトレーナー目が合った場合、カウントされますか？

いいえ、カウントされません。イッシュの難関では、トレーナーカードに書かれたトレーナー目を見てカウントする代わりに、ポケモンや特性など、個体情報を基準とした評価が行われます。