XFLAGアカウントが複数連携していた場合、モンスト内のプレイデータが無効と判断されて垢BANかと心配したが、運営からの返答では垢BANされないことを伝えられた。

このことは、モンストの運営から正式な発表があったようですね。今回の質問については、公式サポートに質問をしてみるのがよいでしょう。また、運営からの正式な返答としては、XFLAGアカウントを複数連携した場合でも垢BANされることが無い、とのことです。