ニンテンドーSwitch有機ELを購入し、純正のフロントカバーと非純正のカバーを本体に着けることは可能でしょうか？

はい、可能です。純正のフロントカバーと非純正のカバーを本体に着けることは問題ありません。ただし、着けた後はしっかりと閉じられるか確認してください。