PILGRIMをインストールした後、Mount & Blade IIのコンパニオンで「準備完了」が選択出来ず、戦闘に入れなくなった。

これは、ゲームの問題である可能性が高いです。まず、PILGRIMをアップデートしてみてください。アップデート後にも問題が解決しない場合は、古いゲームファイルを入れ替えたり、ゲームを再インストールしてみることをお勧めします。さらに、マニュアルを読み、チュートリアルを完了した後に試してみてください。