ワンピースカードで「地獄の審判」の効果で1体を6000マイナスに出来ないか、ヤマト(バニッシュ持ち)をワノ国(錦えもん)デッキに入れてもいいか尋ねています。

はい、出来ます。ただし、「地獄の審判」の効果を使って1体を6000モイナスにするには、他のカードや特殊ルールなどを用いる必要があります。また、ヤマトをワノ国デッキに入れても構いませんが、バニッシュの持ち方に問題がないか詳しく確認したうえで、適切なルールを適用してプレーすることが必要です。