3DSver11.16.0-49jでluma9.1を使ったが、カスタムテーマを適用するためにthemesやthemelyを試したが適用できなかった。

3DSver11.16.0-49jのカスタムテーマを適用する方法としては、Themelyではなく、BootNTR Selector 3.2を使うことがオススメです。まずは、SDCafiine for NTRを導入した上で、BootNTR Selector 3.2を使ってカスタムテーマをインストールしてみてください。