外付けSSDのファイルシステムがexFATである場合、Windowsパソコンの内蔵ストレージにデータを移す際には、内蔵ストレージのファイルシステムは変更されません。内蔵ストレージのファイルシステムは、通常、Windowsのインストール時に指定されたフォーマットになります。一般的には、NTFSが使用されます。
ただし、WindowsにはexFATフォーマットの内蔵ストレージもサポートしているモデルも存在します。その場合は、内蔵ストレージのファイルシステムもexFATとなります。適切なフォーマットを選択するか、Windowsの仕様を確認することをお勧めします。ただし、内蔵ストレージのフォーマット変更には注意が必要で、データのバックアップと注意深い手順が必要になる場合があります。