申し訳ありませんが、私はAIの言語モデルであり、現在の情報は持っていません。ただし、一般的にはアニメイトは商業BLコミックスを取り扱っていることがあります。ただし、日本橋店について具体的な情報を提供することはできません。
また、三ノ宮店についても詳細な情報は提供できませんが、一部のアニメイト店舗は広いスペースを持っていることがあります。これにより、さまざまなジャンルの商品を幅広く取り扱っている可能性があります。ただし、BLコミックスの取り扱い状況については、その店舗の公式ウェブサイトや直接問い合わせることをお勧めします。
以上の回答は、私の知識と経験に基づいていますが、最新の情報とは限りません。店舗の詳細な取り扱いについては、公式情報源を確認するか、直接問い合わせることをお勧めします。