はい、バイト先のコンビニで買い物に行く際にシフトリーダーに「お疲れ様です」と言っても問題ありません。このフレーズは、相手に対する敬意や感謝の気持ちを表す言葉としてよく使われます。そのため、シフトリーダーに対しても使っていただいて問題ありません。
ただし、シフトリーダーに対して使う際には、その人との関係や職場の雰囲気にも注意が必要です。もしシフトリーダーとの関係があまり親しいものでなく、あまり話す機会がない場合は、敬意を示しつつもあまり強く言わず、軽い挨拶で済ませる方が適切かもしれません。
また、他のお客さんや他のスタッフがいる場合は、その場の状況に応じて使うべきかどうかを判断する必要があります。お店の雰囲気や空気感に合わせて、最も適切な対応を心がけましょう。
なお、人によっては「お疲れ様です」というフレーズに対して否定的な意見を持つ人もいますので、相手の意見や反応にも注意を払いましょう。感じ取った意見や反応に基づいて今後の対応を変えることも大切です。
以上のようなポイントに留意しながら、シフトリーダーに対して「お疲れ様です」と言うことは適切であると言えます。