民間船を徴用し軍艦籍に入れることと、船を民間のまま使用することは、以下のような違いがあります。
1. 操作と所有：軍艦籍に入ると、船は海軍の所有物となり、海軍の指揮下で運用されます。一方、民間船のまま使用する場合、船は引き続き民間所有であり、民間の運航ルールに従います。
2. 運用と役割：軍艦籍に入った船は、海軍の目的に応じて運用されます。例えば、護衛空母として使用される場合、航空機の運用や戦闘任務があります。一方、民間船のまま使用する場合、船の役割は民間活動（貨物輸送など）に限られます。
特1TL型のしまね丸は、民間船のままで護衛空母として使用されました。徴用し軍艦籍に入れることはできたかもしれませんが、民間船のまま使用することにより、船主の所有権を侵害せずに必要な目的を達成することができた可能性があります。
春日丸は改造された空母ですが、民間船のままで使用されました。理由としては、船主の意向や政治的な条件などがあった可能性があります。改造によって船を軍艦籍にすることは可能であったと思われますが、具体的な理由は詳細がわかりません。
以上が一般的な違いと考えられるものですが、具体的な事例によっては異なる要因が存在する可能性もあります。