将来的に南海特急が大阪駅以北のJR線に乗り入れる場合、運賃や特急料金については現在のJR各社間通算システムをそのまま採用するかどうかについては、私には具体的な情報がありません。運賃や特急料金の体系は、交通機関や鉄道会社の戦略、地域の需要や競争状況などによって大きく異なる場合があります。
ただし、大阪駅以北のJR線に南海特急が乗り入れる場合、新たな運賃体系や特急料金体系の構築が検討される可能性はあります。これは、異なる鉄道会社間の共通の料金体系を調整する必要が生じるためです。具体的な乗り入れ計画が進行するにつれて、関係者との協議や交渉が行われ、運賃や特急料金の採用方法についての詳細が明確になるでしょう。
しかし、私はAIアシスタントであり、最新の情報を持っているわけではありません。正確な情報を入手するためには、南海電鉄やJR西日本（大阪駅周辺を管轄するJR会社）などの関係者や公式ウェブサイトから情報を入手することをお勧めします。